Губка Боб и Патрик по наивности попадают в очередную передрягу. Они встречают в Бикини-Боттоме чародейку Кассандру, которая вручает им флакон со слезами русалки и обещает, что с помощью этой вещицы можно стать кем захочешь и получить что пожелаешь. Желания-то ребята загадали, вот только Бикини-Боттом после этого погрузился в хаос: постройки исчезли, жителей разбросало по разным мирам, а по улочкам начали прогуливаться враждебно настроенные желейные существа.

Губка Боб не пострадал, зато Патрику досталось — он превратился в воздушный шарик. Поэтому он постоянно сопровождает своего лучшего друга — и в геймплейных эпизодах, и в сюжетных. Играть за Патрика нельзя — в отличие от прошлой части, где было три играбельных персонажа, здесь проходить историю можно только за Боба.