Добрый день, на практике с таким не сталкивались, потому можем только посоветовать попробовать заклеить заплаткой для надувных изделий (матрасов) но не факт что поможет, так как поверхность не гладкая.
Так же есть полиуретановые клеи но они предназначены для склеивания поверхностей которые не контактируют с пищей, поэтому этот вариант тоже не совсем подходит.
Если отверстие маленькое то можно попробовать сварить, запаять. С каждой стороны (внутрь и снаружи) просунуть ткань и аккуратно прогреть утюгом через ткань.
Всё это только советы чтобы мы сделали если такое случится, не инструкции к действию :)
Надеюсь у вас получится "починить" флягу, по возможности отпишитесь получилось или нет и как сделали.